Die finanziellen Mittel für den Unterhalt der Merkmal!-Schule stammen ausschliesslich aus den Schulgeldern der Eltern.

Die Schulgemeinden helfen bei der Finanzierung nur mit, wenn kein dem Kinde entsprechendes Schulangebot der Wohngemeinde besteht. Dies zu ermitteln und zu beweisen ist mit einem erheblichen Aufwand verbunden. Die Merkmal!-Schule ist vital daran interessiert, dass die Eltern einen adäquaten Beitrag aus den öffentlichen Mitteln erhalten.
 
Das monatliche Schulgeld beträgt

Unterstufe 1.- 3. Kl.         Fr. 1650.-
Mittelstufe 4.- 5. Kl.         Fr. 1700.-
Übergangsjahr 5+             Fr. 1750.-
freiwillige Aufgabenhilfe     Fr.    50.-

Im Schulgeld inbegriffen sind Mittagessen, Znüni und Zvieri, Lehrmittel und Unterrichtskosten.
Die Kosten für Schullager, grössere Exkursionen und interne Abklärungstests werden separat berechnet, jährlich etwa Fr. 350.- Die Kosten für den Aufnahmeverlauf betragen Fr. 300.- 

Der Verein Privatschulen Aargau setzt sich für die vollwertige Anerkennung der Privatschulen durch den Kanton ein. Dieser sollte einen Teil der durch die Privatschulen erzielten Einsparungen in Form von Lernplatzbeiträgen für Schüler abgelten. Die Bestrebungen in dieser Richtung laufen auch in andern Kantonen - leider zumeist noch ohne Erfolg.