Die Merkmal!-Schule befindet sich im Areal der ehemaligen Maschinenfabrik Merker AG mitten in der Stadt Baden, gegenüber dem Hochhaus der Aargauer Zeitung in Baden-Nord. Die Schule ist im vorgelagerten grauen Gebäude der STANZEREI untergebracht. Der Eingang befindet sich am Ende der Längsseite des Gebäudes beim Parkplatz.
Besucherparkplätze gibt es im Parkhaus an der Gartenstrasse etwa 300m entfernt. Die Distanz zum Bahnhof beträgt zu Fuss 5 Minuten. Die Busstationen befinden sich in unmittelbarer Nähe.

Auch jüngere Kinder können den täglichen Schulweg mit den öffentlichen Verkehrsmitteln selbstständig bewältigen.

Die Schule ist in hohen, hellen Räumen untergebracht. Büro, Therapie- und Essraum sowie die Schulküche befinden sich im Obergeschoss. Die Werkstatt ist im Untergeschoss eingerichtet.

In der Merkmal!-Schule ist es wichtig, dass die Kinder genug Raum für sich und ihr Bewegungsbedürfnis haben. Die Schul-räume sind entsprechend grosszügig, anregend und wohnlich eingerichtet. Ein eigener Pausenhof befindet sich zwischen dem Hauptgebäude und der alten Stanzerei.
Der nahe gelegene Park bietet zusätzlichen Erholungs- und Bewegungsraum in der Mittagspause.